Das Ziel von Shiatsu ist der Ausgleich und die Wiederbelebung des vitalen Potentials, die Aufrechterhaltung und Stärkung der Körper-Seele-Geist-Einheit, welche den Energiefluss harmonisiert. Shiatsu aktiviert die Selbstheilungskräfte des menschlichen Organismus und wird vorwiegend am Boden (Matte, Futon) in traditionellen Körperhaltungen, im direkten Hautkontakt oder durch indirekte Berührung und ohne Zuhilfenahme von Hilfsmitteln ausgeführt. Der Druck wird senkrecht, stabil, zunehmend oder bewegt aus der Körpermitte (Hara) durch den Einsatz des Körpergewichts (mittels der Schwerkraft und ohne Kraftanwendung) mit Händen, Daumen, Fingern, Ellbogen, Knien und Füßen ausgeübt. Meridiane und Punkte werden stimuliert, wobei je nach energetischer Verfassung des Behandelten die Drucktechnik, die Stärke und Intensität, die Dauer und die Art und Weise der Stimulation variieren. Spezielle Shiatsu-Techniken sind z.B. die Zwei-Hände-Technik, Tonisierung und Sedierung, Makko-ho (Meridiandehnungen), Rotationen und Do-In-Übungen. So löst diese Massageart energetische Blockaden (Spannungszustände, Stauungsgefühle ...) und fördert den Fluss der Energie. Shiatsu stimuliert das autonome Nervensystem und hat somit eine ausgleichende Wirkung auf die Herzfrequenz, die Atmung, den Muskeltonus.

Die Shiatsu Behandlung findet meist in einer ruhigen und angenehmen Umgebung statt: der Patient liegt meist auf einer weichen Matte (futòn), manchmal auch auf einer Massageliege oder sitzt auf einer niedrigen Bank.